Giai đoạn đầu

Pique bắt đầu sự nghiệp cùng đội trẻ Barcelona, nhưng trước khi anh ký bản hợp đồng chuyên nghiệp, anh quyết định gia nhập Manchester United. Đội bóng tới từ nước Anh không phải trả khoản phí nào cho Pique bởi anh quá trẻ để ký bản hợp đồng chuyên nghiệp.

Manchester United

Pique có trận ra mắt cho MU vào tháng 10 năm 2004 sau khi vào thay John O'Shea ở trong trận thắng 3-0 ở Carling Cup trước Crewe Alexandra. Anh có trận ra sân đầy đủ đầu tiên vào ngày 26 tháng 3 năm 2006 trong trận gặp West Ham United ở giải Ngoại hạng Anh.

Với màn trình diễn thuyết phục, anh được ký hợp đồng từ tháng 2 năm 2005 và có thời hạn đến mùa hè năm 2009. Vào ngày 4 tháng 8 năm 2006, Real Zaragoza mượn Pique. Ở đây, anh đã có 22 trận ra sân trong một quãng thời gian thành công bên cạnh Gabriel Milito.

Pique trở lại Old Trafford vào mùa giải 2007-08. Anh mở tỉ số trong trận đầu tiên ở cúp C1, trận thắng 4-0 trước Dynamo Kyiv vào ngày 7 tháng 11 năm 2007. Nhờ vậy, anh trở thành cầu thủ thứ 450 ghi ít nhất 1 bàn cho đội bóng. Anh có bàn thắng thứ hai của mình cho MU cũng trong khuôn khổ cúp C1 trong trận lượt đi thắng Roma vào ngày 12/12/2007

Trở lại Barcelona

Vào ngày 27 tháng 5 năm 2008, Pique ký bản hợp đồng 4 năm cùng Barca, mức phí không được tiết lộ, cùng điều khoản giải phóng hợp đồng lên tới 50 triệu euro. Anh cho biết niềm vui sướng khi được trở lại đội bóng cũ, đồng thời cũng cho biết anh thích quãng thời gian cùng Manchester United;

"Tôi rất hạnh phúc vì được quay lại, tôi không nghĩ tôi có thể ở đây nhưng điều này thật tuyệt với tôi. Manchester là một đội bóng lớn và tôi đã thưởng thức những chiến thắng. Được chơi cùng những cầu thủ hàng đầu đã giúp tôi và giờ đây tôi muốn điều này tiếp tục ở Barca".

Pique ghi bàn đầu tiên cho Barca trong chiến thắng 5-2 trước Sporting CP vào ngày 26 tháng 11 năm 2008. Bàn đầu tien của anh ở giải quốc nội đến 2 tháng sau, vào ngày 29 tháng 1 năm 2009, trong trận đấu ở Copa del Rey gặp Espanyol. Pique ghi bàn thắng đầu tiên ở La Liga cho Barca vào ngày 2 tháng 5 năm 2009 trong chiến thắng 6-2 trước Real Madrid. Vào ngày 13 tháng 5 năm 2009, anh có danh hiệu đầu tiên cùng FC Barcelona khi vượt qua Athletic Bilbao để giành cúp Copa del Rey. 3 ngày sau, Barca chính thức giành La Liga sau khi Real Madrid thua 3-2 trước Villarreal CF, trong khi mùa giải chỉ còn 2 trận nữa.

Anh chơi trận chung kết cúp C1 vào ngày 27 tháng 5, trận đấu mà Barca thắng Manchester United với tỉ số 2-0, hoàn thành cú ăn ba của đội bóng. Anh trở thành cầu thủ thứ 3 vô địch cúp châu Âu cùng 2 đội bóng khác nhau trong 2 mùa giải, sau Marcel Desailly và Paulo Sousa.